miércoles, 3 de septiembre de 2014

Filogeografía de la especie "G. Globigerinella"


Resumen

Especies marinas de plancton definidas morfológicamente han sido consideras un enigma de la  diversidad. Desde que muchas morfoespecies muestran una distribución cosmopolita, un entendimiento de la biogeografía y de los procesos de evolución a nivel de diversidad genética requiere un muestreo global. Se ha usado una base de datos de 387 secuencias de rDNA de un solo ejemplar del foraminífero Globigerinella como modelo para evaluar la distribución biogeográfica y filogenética de la enigmática biodiversidad marina de microplacton a escala global.

Nuestro datos confirman la existencia de múltiples linajes aislados. Un análisis de su abundancia y distribución indican que el muestreo es probablemente aproximado  al total de la diversidad actual. Inesperadamente, se observa una desigual asignación de la diversidad entre los linajes filogenéticos. Se muestra que este patrón no es ni un artefacto de muestreo ni una funcion de edad del linaje. En lugar de esto, se sostiene que refleja un proceso de especiación en curso en uno de los tres principales linajes. Sorprendentemente, 4 de los  6 tipos genéticos están biogeograficamente restringidos al Indopacifico. La aparición espontanea y su jerarquia filogenetica desechan la posibilidad de un origen a través de una fragmentación repentina del hábitat y su limitación a la zona indopacífica desafía la visión de un flujo genético en zonas con agua templada. Este fenómeno muestra que la dispersión pasiva no es suficiente para describir la distribución de la diversidad del plancton. Más bien, estos organismos muestran una distribución de patrones diferenciados formados por la  interaccion entre especies que reflejan contingencia filogenética con un historial único en tasas de diversificación.


Introducción


En muchos grupos de microplancton marino , algunas especies morfologicamente definidas tienden a subestimar la diversidad. La enigmática especiación es predominante en estos grupos que manifiestan diferencias que no tienen por qué ser debidas a un desarrollo morofológico de los rasgos. En consecuencia, la diversidad biogeográfica de patrones y especies no tienen por qué reflejar procesos a nivel de especies biológicas. Esto afecta, por tanto, a la interpretación de los patrones biogeográficos del microplancton marino. Morfologicamente, las especies aparecen a menudo distribuidas globalmente, pero su constitución a nivel de linaje puede mostrar diferencias en los patrones. Dicha distribución espacialmente estructurada puede reflejar ya sea limitación de la dispersión, la adaptación diferencial o nicho de incumbencia. La diferencia fundamental entre estos falsos escenarios está en la ubicación del flujo genético y en la importancia de la interaccion de especies. Si tenemos en cuenta la importancia de la interaccion entre especies entonces  la ocupación  de los nichos completos será influenciada por la exclusión competitiva. Las diferencias entre estos escenarios ayudarán a sacar conclusiones sobre la distribución y diversidad del plancton marino.

La prelevancia del paradigma de la especiación y a menudo la distribución cosmopolita requiere un muestro extensivo de carácter global sobre la diversidad genética, cubriendo absolutamente todo el rango del linaje estudiado. Aquí se usa el modelo mas diverso de morfoespecies planctónicas foraminíferas. La mayor parte de las especies de plancton foraminífero tienen una distribución cosmopolita (dentro de su rango de temperaturas) y el flujo genético tiene lugar a escala global. Hay pruebas de que existen morfoespecies de plancton foraminífero reproductivamente aislado pero morfologicamente indistinguible con otras especies. Estas especies no son representativas a nivel biológico.

Estudios recientes intentan identificar los patrones de especiación que dan lugar a la distribución observada o los factores ambientales que lo influencian, pero la importancia de las interacciones biológicas han sido en gran medida pasadas por alto.

En este artículo se representan los resultados de un estudio global en el linaje foraminífero Globigerinella[16], abundante en aguas superficiales tropicales y subtropicales a lo largo de todo el océano (Fig. 2). Las morfoespecies dominantes en este linaje, G. siphonifera tolera temperatura entre lo 11º y los 30ºC y una salinidad de entre el 27 y el 45% limitando con la zona eufótica asocioada con algas simbiontes. Su “hermana” en lo que se refiere a especies, Globigerinella calida, es muy similar aunque todavía no está muy clara la separación entre ambas especies. El alto grado de variabilidad en G. siphonifera está reflejado en su diversidad genética. Análisis de su RNA (SSU rDNA) demuestran que es parte del único complejo genético conocido hasta ahora del plancton foraminífero, identificando un largo número de linajes genéticos típicamente considerados como “especies enigma”. Basados en esta información, G. siphonifera parece ser el grupo genéticamente más diverso del plancton foraminífero moderno.



Fig.1: mapa del mundo indicando las especies objeto y los sitios donde se ha muestreado para el estudio (*).

(*)Fig.1: Las sombras grises indican la abundancia de Globigerinella siphonifera. Las líneas negras muestran los bordes de aparición con un umbral del 1%. Los círculos blancos indican las estaciones de muestreo incluídas en este estudio. Las líneas diagonales indican áreas donde los datos no estaban disponibles.

Según el muestreo, G. siphonifera son cosmopolitas pero su proporición varia según las propiedades de la superficie oceánica. Aquí analizamos  la secuencia de datos de su SSU rDNA cubriendo la distribución latitudinalmente a lo largo de los océanos tropicales y subtropicales

Materiales y Metodos

Especímenes de Globigerinella siphonifera han sido colectados durante 26 expediciones entre 1996 y 2012 cubriendo todas las estaciones y profundidades del mar desde la superficie hasta 700 m (Table S1). El muestreo representa una combinación de plancton durante el recorrido. La malla varía entre los 100 y 200 μm. En cualquiera de los casos, los foraminíferos fueron separados de todo el plancton y taxonómicamente identificados usando  estereomicroscopios. Los ejemplares vivos que seguían contiendo citoplasma fueron limpiados y, ya sea transfiriéndolos a tubos para la extracción drecta de DNA o secados al aire en diapositivas de carton y guardadas a -20 o -80ºC hasta su procesado. El conjunto de datos incorpora una mejora de 45 secuencias de Globigerinella siphonifera disponibles en GenBank ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Globigerinella+siphonifera%20) . A fin de poder resolver la filogenia secuencial de Globigerinella siphonifera, la raíz del árbol, y para estimar la divergencia temporal entre los principales linajes, es necesario intentar obtener la secuencia  SSU rDNA de su hermana de especie Beella digitata. Ocho ejemplares de esa especie han sido recogidos de la malla planctónica en el Mediterráneo Occidental (Table S1).

El procesado de DNA usa ciertas polimerasas para aumentar los fragmentos y poder así diferenciar  los linajes genéticos de G. siphonifera. Detalles enTable S1. La delineación de los linajes genéticos precisa de ciertos programas informáticos y anteriores estudios. Estos análisis identifican la presencia de 3 linajes principales, los cuales se dividen a su vez en 7 clados (alineaciones). Durante el analisis de DNA se llega a diferentes conclusiones: 3 eventos mutacionales pertenecientes al mismo tipo genético lo cual puede significar unidades aisladas genéticamente.

Para resolver las relaciones filogenéticas de los linajes de G. siphonifera y B. digitata del resto del plancton foraminífero y estimar la divergencia de tiempo entre los dos linajes de especie se utiliza un reloj molecular, usando el G. siphonifera/B. digitata MAFFT alignment File S1. (versiones de MAFFT disponibles online v.7 MUSCLE  [37]). B. digitata fue usada para definir el origen de Globigerinella. El análisis del reloj molecular fue realizado usando los métodos de “Bayesian” implementados en BEAST v.1.7.5 via the CIPRES Gateway [39]. La división entre G. siphonifera y B. digitata está marcada por la primera aparición de Beella praedigitata datado hace 10.2 Ma. La edad de las especies más viejas reportadas en las profundidades del mar está en un listado correspondiente a la base de datos de the CHRONOS (http://chronos.org

Resultados:

Además de las 45 secuencias de GenBank, en este estudio se obtienen 370 secuencias parciales de los 3’ finales del SSU rDNA representando 338 individuos de Globigerinella siphonifera de 108 estaciones en 25 expediciones de 7 regiones del océano mundial (Table S1). La mayor parte de las divergencias secuenciales se encuentran en la expansión de segmentos. Además de mutaciones puntuales que también fueron encontradas en las regiones conservadas secuencial y estructuralmente. Todas las secuencias pueden atribuirse sin duda a uno de los principales linajes. Además, se obtienen 25 secuencias de 8 individuos de  Beella digitata cubriendo el fragmento entero del SSU rDNA usado para la fliogenia implicada en foraminíferos planctónicos por Aurahs et al. [28].

Todas las secuencias pueden ser asignadas a uno de los tres principales linajes, los cuales corresponden objetivamente con las unidades taxonómicas. Estos linajes son fuertes frente al aumento de la cobertura taxonómica, especialmente a la inclusión de B. digitata (Fig. 2a) apoyando las observaciones del registro fosil [40].


                              fig.2: relaciones filogenéticas dentro de foraminíferos planctónicos.



Fig. 2: Relaciones filogenéticas dentro de foraminíferos planctónicos A) relaciones filogenetics de foraminífero planctónico incluyendo Globigerinella siphonifera y Beella digitata. El árbol esta basado en el alineamiento de MAFFT de of Aurahs et al. [28]. B) Arbol filogenético de  G. siphonifera con B. digitata. El árbol esta basado en el alineamiento deMAFFT. Imágenes del microscopio de luz muestran la enorme morfología entre G. siphonifera and B. digitata.

Se encuentran 30 secuencias variantes de SSU rDNA lo cual confirma el nivel de diversidad notado en estudios anteriores. Las diferencias entre el linaje I y el III no son muchas. Las mutaciones ocurren a partes iguales en las regiones variables y  las regiones conservadas, pero son exclusivamente puntuales y la mayoría están en las regiones variables y solo en 2 regiones conservativas. La divergencia mas alta se encuentra en el linaje II con mas de 40 eventos mutacionales (el linaje I tiene hasta 8 mutaciones y el linaje II 13) aunque están más homogéneamente distribuidos entre todas las regiones variables y coservadoras.

Consecuentemente, las relaciones filogenéticas organizados en 12 linajes genéticos dentro de G. siphonifera  fueron probadas usando 3 alineaciones distintas. Este análisis revela 10 de los 12 linajes genéticos, definidos como diferentes por mas de tres caracteres, son confirmados en la mayoría de las alineaciones. La topología del filograma incluye la asignación de eventos mutacionales en las ramas lo que sugiere un proceso secuencial de diferenciación en curso. Es importante tener en cuenta que a pesar de que la secuencia sigue aumentando no se han descubierto nuevos linajes importantes. Lo que sí que aumenta son los nuevos descubrimientos de motivos de secuencia; esto nos indica simplemente el ajuste jerárquico dentro del clado.

La distribución geográfica de las especies asignadas de los 12 linajes genéticos revelan la existe del cosmopolitismo así como el povincialismo dentro del enigmático tipo genético de  G. siphonifera(Fig. 5a). 

El linaje III muestra una apariencia restringida: solo se encuentra en el Golfo de Aquaba y en abundancia baja en el Atlántico Este. El Linaje I tiene una aparición mas cosmopolita junto con el linaje II y parte del linaje III, aunque éstos últimos en mucha menor medida o abundancia. El linaje I(b) tiene su mayou abundancio en el Oceano Indico Este y en el Mar Rojo y muy poca abundancia en el Atlantico donde solo un individuo fue encontrado. El tipo II(b) fue muestreado en alto rango en el Atlántico y unos pocos en el Este del Pacifico. El tipo III(b) fue encontrado en aguas marginales del Atlantico en el Oceano Indico del Este.



fig.3: Distribucion biogeografica del tipo genetico Globigerinella siphonifera

Fig.3: A) distribución geográfica de los linajes de Globigerinella siphonifera trazada exactamente donde se indica en el mapa en proyección Mercator. Los números indican la suma de individuos de un genotipo encontrado en una estación. Un año significa que la temperatura de la superficie del mar y esta indicada por sombras grises. También se indican las principales corrientes oceánicas. B) distribucion geográfica de los genotipos del linaje II(a) de Globigerinella siphonifera .

El tipo genético II(a) es altamente abundante a escala global y muestra una distribucion realmente cosmopolita.Sin embargo, es sorprendemente distinta la diversidad entre el Atlantico y el Pacifico. El océano indico contiene la mayor diversidad con cinco tipos distintos de este linaje, por ejemplo el Mar de Coral, Mar Rojo, Mar Arábigo y también bajas abundancias en el Pacifico Noreste y Japón. En comparación con esta abundancia, en el Atlántico está bastante más limitada. Solo se encontraron dos tipos diferentes que tenían una distribucion también cosmopolita y aparecia en muchas regiones de muestreo.

 Debate


Es sorprendente las altas secuencias divergentes de SSU rDNA encontradas en muchas de las morfoespecies de foraminíferos planctónicos. Esta secuencia divergente es típicamente organizada en un pequeño número de linajes, los cuales no muestran evidencias de hibridación, si no que aparecen antiguamente y su distribucion sigue una estructura geográfica. Por estas razones, dichos linajes, también referidos como “Tipos” o “Tipos genéticos”, son considerados para representar unidades taxonómicas aisladas con un parecido biológico en lo que a especie se refiere.

Aunque esta interpretación parece más probable, aunque no inequívoca debido a que estos linajes como especies biológicas están carentes. Esto es porque los foraminíferos no se reproducen y no se pueden hacer experimentos para cruzarlos apareándolos tal y como se hace con otras especies como las diatomeas: esto a día de hoy es imposible. Es difícil  averiguar  exactamente cómo es la delineación del grupo, sin embargo, los estudios sugieren que la mayoría de esas divergencias en el SSU rDNA no son causadas por hibridaciones.

Por otro lado, un exhaustivo estudio de  Globigerinoides sacculifer, una especie cercana a G. siphonifera, reveló la existencia de raras divergencias en su secuencia de SSU. Debido a esto, supone que el nivel más bajo de variabilidad genética en G. siphonifera, manifestada no puede estar asociada con el aislamiento reproductivo, pero representa la divergencia y el rDNA la variación dentro de las especies. Al analizar la distribución de los 12 linajes genético no podemos estar completamente seguros de que no estamos subestimando el número de linajes reproductivamente aislados. Por tanto, las conclusiones extraídas de los datos a nivel de linaje también deberán aplicarse a cualquier unidad por debajo de éstos.

A pesar de la situación exacta de los 12 linajes genéticos,  el primer paso antes de analizar su distribución y asignación es preguntarse cómo de representativo ha sido el muestreo. Con este fin, el enfoque de primer orden(Table 1),  muestra que el número de linajes en la colección parece acercarse al total esperado número de linajes, dados los datos supuestos en la prueba. Del mismo modo, el número de linajes muestreados en casi todas las regiones cae dentro del intervalo de confianza del 95% de la estimación jackknifing, lo que implica una baja probabilidad de que se hayan encontrado otros linajes si se hubiese hecho un muestreo más intensivo. Sólo para el Mar Rojo se da la evidencia de que al menos un linaje que no ha sido muestreado todavía. Este análisis confirma la observación empírica de que un aumento de siete veces en la intensidad de muestreo condujo a una tasa desproporcionadamente baja de descubrimiento de nuevas variantes y que la distribución de la proporción de nuevas variantes es compatible con su posición jerárquica. A pesar de la mayor diversidad de linaje que entre otras especies de foraminíferos planctónicos (12 en G. siphonifera, en comparación con 7 en Neogloboquadrina pachyderma y Globigerina bulloides)  Se confirma que el numero de tipos genéticos encriptados de  G. siphonifera son limitados siendo la diversidad subestimada por un factor de alrededor 10, pero no más.

Tabla 1: Comparación entre lo observado y lo estimado numéricamente.

Observado (So) y estimado (Se, primer orden- Jackknifing) número de tipos genéticos de Globigerinella siphonifera y conjunto de datos regionales. Solo en el Mar Rojo el número de tipos observados no caen dentro del 95% del intervalo de confianza estimado lo cual sugiere la existencia de al menos un tipo genético más en esta región.

Teniendo establecido que la intensidad del muestreo, tanto global como regionalmente ha sido la adecuada, consideramos en primer lugar las relaciones de estos linajes dentro del árbol filogenético. Aquí, un hallazgo importante es la distribución desigual de la diversificación entre los tres linajes principales; con siete tipos de linaje II y sólo dos y tres tipos de linaje I y III, respectivamente. Debido a que el análisis jackknifing sugiere que nuestro muestreo se aproxima a la diversidad real en cada región, es poco probable que sea debido a submuestreo sistemática la distribución desigual de tipos entre los linajes.

La segunda explicación obvia para la asignación desigual de la diversidad de linajes es su edad, con linajes de mayor edad tienen más tiempo para acumular las especies. Para probar esta hipótesis, se calcularon los relojes moleculares para la diversificación de los linajes genéticos dentro de G. siphonifera comparándolos con los de su especie hermana B. digitata (Fig. 6)  Las edades resultantes de ambos modelos de reloj mostraron una distribución más realista que los resultados de un modelo de reloj estricto y están de acuerdo con cálculos anteriores totalmente independiente. La edad de la división del linaje tipo IIa y de IIb se calcula que han tenido lugar ~ 5 Ma en el Plioceno temprano. La división entre el linaje II y III se remonta a ~ 7 Ma y la división de linaje que del resto de los linajes tuvo lugar ~ 9 Ma. Por lo tanto, como el orden de ramificación de la filogenia lo indica (Fig. 2), el mayor número de tipos genéticos se encuentra en el linaje más joven. Basándose en las estimaciones de reloj molecular (Fig. 6), este linaje tenía una duración de dos a tres veces más corto que los otros linajes. En consecuencia, la longevidad del linaje no es viable para dar explicación a la distribución desequilibrada de la diversidad.



Figura 4: Reloj molecurar como estimador de la evolución del linaje de Globigerinella siphonifera 

Figura 4: Filogenia molecular de G. siphonifera y Beella digitata en un aliniamiento con rangos de tiempo estimados de las correlacionadas de manera normal (azul) y exponencial (roja) en el reloj molecular. Numeros y nodos indican la divergencia de edades que muestran su 95% en los intervalos de confianza. Los triángulos verdes y números muestran las edades calculadas en el  Vargas et al. [23], excepto para un nodo terminal el cual parece muy joven. La flecha negra indica el punto cero desde donde la presencia de un cierto rasgo tiene un efecto significante en la especiacion, basado en una covariante generalizada que se aproxime linealmente al modelo.

Por lo tanto, puesto que la alta diversidad en el linaje II es poco probable que sea consecuencia de submuestreo y no se correlaciona con la edad linaje, podemos considerar la posibilidad de que sea debido a tasas desiguales de diversificación entre los linajes. Se hace un estudio para corroborarlo y se concluye que el aumento de tasa de especiación parece más probable que sea la causa de la acumulación desproporcionada de la diversidad que se produjo en el linaje IIa.

El factor exacto que causa un aumento en la tasa de especiación es difícil de reconstruir a partir de la filogenia. Sin embargo, la topología de la mediana de unirse a la red del linaje II revela una distribución en círculo de ribotipos, con falta de motivos ancestrales. Esta distribución implica que el linaje II diversificada por la fragmentación secuencial de una población de ribotipos ancestrales transformado por completo durante el proceso de fragmentación. Esto está en contra de la especiación por aislamiento periférico.

La segunda pista a la condición única del linaje IIa proviene de su biogeografía. El patrón llamativo de aislamiento (Indo) Pacifico ayuda a la interpretación de su diversidad elevada y ofrece una evidencia para evaluar la biogeografía de la diversidad de las especies morfológicas constituyentes. Para ello, tenemos en cuenta los tres escenarios-miembro extremo que explican la distribución restringida a su vez (limitación de la dispersión, la adaptación diferencial o nicho incumbencia).

En primer lugar, se argumenta que la distribución biogeográfica de los linajes genéticos de G. siphonifera muestra que una limitación de la dispersión no parece ser el factor que provoca la divergencia en este taxón. En cada uno de los tres linajes nos encontramos con al menos un tipo con una distribución cosmopolita. Si la dispersión fuera el factor limitante predominante para la especiación, deberíamos esperar una acumulación de tipos endémicos en el Atlántico. La conexión entre los hábitats tropicales subtropicales del Atlántico e indopacifico está mediada por la corriente de Agulhas, que transporta agua salina caliente desde el índico al Atlántico llevando a poblaciones vivas de foraminíferos planctónicos con ella. Por lo tanto, en teoría, los linajes originarios del Atlántico no deberían de ser capaces de escapar de allí, mientras que los linajes originarios del índico deben ser constantemente transportados pasivamente hacia el Atlántico debido a la ausencia de una barrera de dispersión. La biogeografía observada por lo tanto podría considerarse compatible con la dispersión pasiva.

La similitud de las abundancias relativas de los linajes genéticos en Globigerinella entre las diferentes cuencas oceánicas revela una estrecha relación entre el Océano Atlántico, con sus mares marginales, el Mediterráneo y el Mar Caribe. También el mar Arábigo y su región vecina, el Océano Índico occidental, muestran una gran similitud en la ocurrencia de tipo genético, así como el Mar Rojo, que se ve afectada por el agua que afluye desde el Mar Arábigo. El análisis muestra la comunidad del Pacífico que se relaciona de manera similar a la del Atlántico, así como para el Océano Índico, sin embargo no existe una estrecha similitud entre el océano Índico y el Atlántico. Esta observación es completamente contrario a lo que se esperaría si la ocurrencia de linajes genéticos refleja dispersión pasiva por las corrientes entre el Atlántico y el Océano Índico. La conclusión de que es poco probable limitación de la dispersion está en línea con la evidencia de la mezcla global en las poblaciones tropicales de otras especies de foraminíferos planctónicos, así como la evidencia basada en observaciones en el registro fósil.

En segundo lugar, consideramos la dispersión ubicua y adaptación diferencial. La acumulación de tipos genéticos en el índico podría ser indicativo para la adaptación diferencial a condiciones ecológicas o hidrográficas que se den en esta zona. Consideramos que esta explicación es poco probable, ya que en todos los tipos genéticos con las mismas muestras con tipos genéticos cosmopolitas, no hubo desplazamiento en profundidad. Si hubo una adaptación específica asociada dentro del linaje que limita su aparición en el índico entonces se requieren dos eventos evolutivos independientes que se han producido: el personaje tenía que evolucionar en la base del clado (IIa) y luego invertirse en la base de la clado.

Por tanto, la explicación más probable para la distribución de los tipos genéticos en el linaje  es el concepto de nicho incumbencia. En este escenario, se supone que la diversificación de linaje IIa ha tenido lugar en el (Indo) Pacifico por la fragmentación secuencial de la población original. Todos los linajes permanecieron restringidos al índico o sus esfuerzos de invasión en el Atlántico terminaron en extinción. La razón del fracaso de la mayoría de los tipos genéticos en este linaje sería  por causa de incumbencia de nicho. Requiriendo solamente un evento evolutivo (la capacidad del linaje IIa para invadir el Atlántico), la incumbencia nicho o exclusión competitiva por lo tanto parece ser la mejor explicación del patrón de distribución de los linajes genéticos de G. siphonifera.

La diversidad genética inesperadamente alta, así como la distribución diferenciada de los tipos genéticos en los foraminíferos planctónicos estudiados muestran que los patrones de ocurrencia basados ​​en especies morfológicas son demasiado grandes para dilucidar patrones biogeográficos. De acuerdo con estudios anteriores, éstos nos muestran que es poco probable que refleje limitación de la dispersión del patrón diferenciado de distribución linaje, sino que también no se limita a reflejar la dispersión pasiva por las corrientes oceánicas. En su lugar, estos resultados confirman que, incluso en microplankton marina la alta diversificación es posible y que las interacciones y la competencia entre los linajes junto con la contingencia histórica forma a su existencia actual y su distribución en los océanos del mundo.

Firgura 7: rendición de similitud de las abundancias relativas de todos los tipos genéticos de G. siphonifera en las regiones de muestreo. Con el fin de evaluar estadísticamente la estructura geográfica en la ocurrencia de los linajes genéticos de G. siphonifera, los sitios de muestreo fueron separados en siete regiones de los océanos del mundo. La similitud de las abundancias relativas de los linajes genéticos entre estas regiones se visualizan mediante escalamiento multidimensional no métrico basado en el índice de similitud Morisita[62]. Las flechas indican la dirección de las corrientes oceánicas superficie de conexión regiones vecinas.


Referencias.

1.     1.Šlapeta J, López-García P, Moreira D (2006) Global dispersal and ancient cryptic species in the smallest marine eukaryotes. Mol Biol Evol 23: 23–29. doi: 10.1093/molbev/msj001

o    View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

2.     2.Amato A, Kooistra WHCF, Levialdi Ghiron JH, Mann DG, Pröschold T, et al. (2007) Reproductive isolation among sympatric cryptic species in marine diatoms. Protist 158: 193–207. doi: 10.1016/j.protis.2006.10.001

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

3.     3.Bickford D, Lohman DJ, Sodhi NS, Ng PKL, Meier R, et al. (2007) Cryptic species as a window on diversity and conservation. Trends Ecol Evol 22: 148–155. doi: 10.1016/j.tree.2006.11.004

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

4.     4.Darling KF, Wade CM (2008) The genetic diversity of planktic foraminifera and the global distribution of ribosomal RNA genotypes. Mar Micropaleontol 67: 216–238. doi: 10.1016/j.marmicro.2008.01.009

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

5.     5.Algar AC, Mahler DL, Glor RE, Losos JB (2013) Niche incumbency, dispersal limitation and climate shape geographical distributions in a species-rich island adaptive radiation. Global Ecol Biogeogr 22: 391–402. doi: 10.1111/geb.12003

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

6.     6.Palumbi SR (1994) Genetic divergence, reproductive isolation, and marine speciation. Ann Rev Ecol Syst 25: 547–572. doi: 10.1146/annurev.es.25.110194.002555

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

7.     7.Hemleben C, Spindler M, Anderson OR (1989) Modern planktonic foraminifera. Heidelberg: Springer.

8.     8.André A, Weiner A, Quillévéré F, Aurahs R, Morard R, et al. (2013) The cryptic and the apparent reversed: Lack of genetic differentiation within the morphologically diverse plexus of the planktonic foraminifer Globigerinoides sacculifer. Paleobiol 39: 21–39. doi: 10.1666/0094-8373-39.1.21

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

9.     9.Darling KF, Wade CM, Stewart IA, Kroon D, Dingle R, et al. (2000) Molecular evidence for genetic mixing of Arctic and Antarctic subpolar populations of planktonic foraminifers. Nature 405: 43–47. doi: 10.1038/35011002

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

10.   10.Aurahs R, Grimm GW, Hemleben V, Hemleben C, Kucera M (2009) Geographical distribution of cryptic genetic types in the planktonic foraminifer Globigerinoides ruber. Mol Ecol 18: 1692–1706. doi: 10.1111/j.1365-294x.2009.04136.x

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

11.   11.Weiner A, Aurahs R, Kurasawa A, Kitazato H, Kucera M (2012) Vertical niche partitioning between cryptic sibling species of a cosmopolitan marine planktonic protist. Mol Ecol 21: 4063–4073. doi: 10.1111/j.1365-294x.2012.05686.x

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

12.   12.Morard R, Quillévéré F, Douady CJ, de Vargas C, de Garidel-Thoron T, et al. (2011) Worldwide genotyping in the planktonic foraminifer Globoconella inflata: Implications for life history and paleoceanography. PLOS ONE 6: e26665. doi: 10.1371/journal.pone.0026665

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

13.   13.de Vargas C, Norris R, Zaninetti L, Gibb SW, Pawlowski J (1999) Molecular evidence of cryptic speciation in planktonic foraminifers and their relation to oceanic provinces. Proc Natl Acad Sci USA 96: 2864–2868. doi: 10.1073/pnas.96.6.2864

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

14.   14.Darling K, Kucera M, Wade C (2007) Global molecular phylogeography reveals persistent Arctic circumpolar isolation in a marine planktonic protist. Proc Natl Acad Sci USA 104: 5002–5007. doi: 10.1073/pnas.0700520104

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

15.   15.Seears H, Darling K, Wade C (2012) Ecological partitioning and diversity in tropical planktonic foraminifera. BMC Evol Biol 12: 54. doi: 10.1186/1471-2148-12-54

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

16.   16.d’Orbigny A (1839) Foraminifèrs. In: de la Sagra R, editor. Histoire Physique et Naturelle de L’ile de Cuba. Paris: Bertrand A. pp. 82.

17.   17.Bijma J, Faber WW, Hemleben C (1990) Temperature and salinity limits for growth and survival of some planktonic foraminifers in laboratory cultures. J Foramin Res 20: 95–116. doi: 10.2113/gsjfr.20.2.95

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

18.   18.Parker FL (1962) Planktonic foraminiferal species in pacific sediments. Micropaleontol 8: 219–254. doi: 10.2307/1484745

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

19.   19.Faber WW, Anderson OR, Lindsey JL, Caron DA (1988) Algal-foraminiferal symbiosis in the planktonic foraminifer Globigerinella aequilateralia; I, Occurrence and stability of two mutually exclusive chrysophyte endosymbionts and their ultrastructure. J Foramin Res 18: 334–343. doi: 10.2113/gsjfr.18.4.334

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

20.   20.Faber WW, Anderson OR, Caron DA (1989) Algal-foraminiferal symbiosis in the planktonic foraminifer Globigerinella aequilateralis; II, Effects of two symbiont species on foraminiferal growth and longevity. J Foramin Res 19: 185–193. doi: 10.2113/gsjfr.19.3.185

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

21.   21.Huber BT, Bijma J, Darling KF (1997) Cryptic speciation in the living planktonic foraminifer Globigerinella siphonifera (d' Orbigny). Paleobiol 23: 33–62.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

22.   22.Bijma J, Hemleben C, Huber BT, Erlenkeuser H, Kroon D (1998) Experimental determination of the ontogenetic stable isotope variability in two morphotypes ofGlobigerinella siphonifera (d'Orbigny). Mar Micropaleontol 35: 141–160. doi: 10.1016/s0377-8398(98)00017-6

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

23.   23.de Vargas C, Bonzon M, Rees NW, Pawlowski J, Zaninetti L (2002) A molecular approach to biodiversity and biogeography in the planktonic foraminifer Globigerinella siphonifera (d'Orbigny). Mar Micropaleontol 45: 101–116. doi: 10.1016/s0377-8398(02)00037-3

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

24.   24.Göker M, Grimm GW, Auch AF, Aurahs R, Kucera M (2010) A clustering optimization strategy for molecular taxonomy applied to planktonic foraminifera SSU rDNA. Evol Bioinform 6: 97–112. doi: 10.4137/ebo.s5504

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

25.   25.Holzmann M, Pawlowski J (1996) Preservation of foraminifera for DNA extraction and PCR amplification. J Foramin Res 26: 264–267. doi: 10.2113/gsjfr.26.3.264

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

26.   26.Morard R, Quillévéré F, Escarguel G, Ujiie Y, de Garidel-Thoron T, et al. (2009) Morphological recognition of cryptic species in the planktonic foraminifer Orbulina universa. Mar Micropaleontol 71: 148–165. doi: 10.1016/j.marmicro.2009.03.001

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

27.   27.Katoh K, Kuma K-i, Toh H, Miyata T (2005) MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment. Nucleic Acids Res 33: 511–518. doi: 10.1093/nar/gki198

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

28.   28.Aurahs R, Göker M, Grimm GW, Hemleben V, Hemleben C, et al. (2009) Using the multiple analysis approach to reconstruct phylogenetic relationships among planktonic foraminifera from highly divergent and lenght-polymorphic SSU rDNA sequences. Bioinform Biol Insights 3: 155–177.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

29.   29.Maddison WP, Maddison DR (2011) Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 2.75. Available: http://mesquiteproject.org/mesquite/mesq​uite.html

30.   30.Bandelt HJ, Forster P, Röhl A (1999) Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Mol Biol Evol 16: 37–48. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

31.   31.Pillet L, Fontaine D, Pawlowski J (2012) Intra-Genomic Ribosomal RNA Polymorphism and morphological variation in Elphidium macellum suggests inter-specific hybridization in Foraminifera. PLOS ONE 7: e32373. doi: 10.1371/journal.pone.0032373

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

32.   32.Katoh K, Standley DM (2013) MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in performance and usability. Mol Biol Evol 30: 772–780. doi: 10.1093/molbev/mst010

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

33.   33.Stamatakis A. Phylogenetic models of rate heterogeneity: a high performance computing perspective. Proceedings of the IPDPS; 2006; Rhodos, Greece.

34.   34.Miller MA, Pfeiffer W, Schwartz T (2010) Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees. Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE): 1–8.

35.   35.Stamatakis A, Hoover P, Rougemont J (2008) A rapid bootstrap algorithm for the RAxML web servers. Syst Biol 57: 758–771.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

36.   36.Felsenstein J (1985) Confidence limits on phylogenies: An approach using the Bootstrap. Evolution 39: 783–791. doi: 10.2307/2408678

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

37.   37.Edgar RC (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res 32: 1792–1797. doi: 10.1093/nar/gkh340

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

38.   38.Lassmann T, Frings O, Sonnhammer ELL (2009) Kalign2: high-performance multiple alignment of protein and nucleotide sequences allowing external features. Nucleic Acids Res 37: 858–865. doi: 10.1093/nar/gkn1006

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

39.   39.Drummond A, Rambaut A (2007) BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. BMC Evol Biol 7: 214. doi: 10.1186/1471-2148-7-214

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

40.   40.Kennett JP, Srinivasan MS (1983) Neogene planktonic Foraminifera: A phylogenetic atlas. Stroudsburg, PA: Hutchinson Ross Publishing Co.

41.   41.Aze T, Ezard THG, Purvis A, Coxall HK, Stewart DRM, et al. (2011) A phylogeny of Cenozoic macroperforate planktonic foraminifera from fossil data. Biol Rev Camb Philos Soc 86: 900–927. doi: 10.1111/j.1469-185x.2011.00178.x

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

42.   42.Kucera M, Schönfeld J (2007) The origin of modern oceanic foraminiferal faunas and Neogene climate change. In: Williams M, Haywood AM, Gregory FJ, Schmidt DN, editors. Deep-Time Perspectives on Climate Change: Marrying the Signal from Computer Models and Biological Proxies. London: The Geological Society. pp. 409–426.

43.   43.Rambaut A (2009) Tree Figure Drawing Tool Version 1.3.1. University of Edinburgh. Available: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtre​e/.

44.   44.Paradis E (2005) Statistical analysis of diversification with species traits. Evolution 59: 1–12. doi: 10.1554/04-231

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

45.   45.Paradis E (2011) Shift in diversification in sister-clade comparisons: A more powerful test. Evolution 66: 288–295. doi: 10.1111/j.1558-5646.2011.01429.x

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

46.   46.R Development Core Team (2011) R: A language and environment for statistical computing. Vienna: R Foundation for Statistical Computing.

47.   47.Paradis E, Claude J, Strimmer K (2004) APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language. Bioinformatics 20: 289–290. doi: 10.1093/bioinformatics/btg412

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

48.   48.Quenouille MH (1949) Approximate tests of correlation in time-series. J R Stat Soc Series B Stat Methodol 11: 68–84. doi: 10.1017/s0305004100025123

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

49.   49.Smith EP, van Belle G (1984) Nonparametric estimation of species richness. Biometrics 40: 119–129. doi: 10.2307/2530750

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

50.   50.Wuyts J, Van de Peer Y, Winkelmans T, De Wachter R (2002) The European database on small subunit ribosomal RNA. Nucleic Acids Res 30: 183–185. doi: 10.1093/nar/30.1.183

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

51.   51.Grimm GW, Stögerer K, Topaç Ertan K, Kitazato H, Kučera M, et al. (2007) Diversity of rDNA in Chilostomella: Molecular differentiation patterns and putative hermit types. Mar Micropaleontol 62: 75–90. doi: 10.1016/j.marmicro.2006.07.005

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

52.   52.Quillévéré F, Morard R, Escarguel G, Douady CJ, Ujiié Y, et al.. (2013) Global scale same-specimen morpho-genetic analysis of Truncorotalia truncatulinoides: A perspective on the morphological species concept in planktonic foraminifera. Palaeogeogr Palaeocl: http://dx.doi.org/10.1016/j.palaeo.2011.​1003.1013, (in press, Corrected Proof).

53.   53.McPeek MA, Brown JM (2007) Clade age and not diversification rate explains species richness among animal taxa. Am Nat 169: E97–E106. doi: 10.1086/512135

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

54.   54.Rabosky DL, Donnellan SC, Talaba AL, Lovette IJ (2007) Exceptional among-lineage variation in diversification rates during the radiation of Australia's most diverse vertebrate clade. Proc R Soc B 274: 2915–2923. doi: 10.1098/rspb.2007.0924

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

55.   55.Beal LM, De Ruijter WPM, Biastoch A, Zahn R (2011) On the role of the Agulhas system in ocean circulation and climate. Nature 472: 429–436. doi: 10.1038/nature09983

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

56.   56.Peeters FJC, Acheson R, Brummer GJA, de Ruijter WPM, Schneider RR, et al. (2004) Vigorous exchange between the Indian and Atlantic oceans at the end of the past five glacial periods. Nature 430: 661–665. doi: 10.1038/nature02785

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

57.   57.Goetze E (2011) Population Differentiation in the Open Sea: Insights from the Pelagic Copepod Pleuromamma xiphias. Integrative and Comparative Biology 51: 580–597. doi: 10.1093/icb/icr104

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

58.   58.Blanco-Bercial L, Álvarez-Marqués F, Bucklin A (2011) Comparative phylogeography and connectivity of sibling species of the marine copepod Clausocalanus (Calanoida). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 404: 108–115. doi: 10.1016/j.jembe.2011.05.011

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

59.   59.Sexton PF, Norris RD (2008) Dispersal and biogeography of marine plankton: Long-distance dispersal of the foraminifer Truncorotalia truncatulinoides. Geology 36: 899–902. doi: 10.1130/g25232a.1

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

60.   60.Williams EE (1965) The species of Hispaniolan green anoles (Sauria, Iguanidae). Breviora 227: 1–16.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

61.   61.Peijnenburg KTCA, Goetze E (2013) High evolutionary potential of marine zooplankton. Ecol Evol 3: 2765–2781. doi: 10.1002/ece3.644

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

62.   62.Morisita M (1959) Measuring the interspecific association and similarity between communities. Mem Fac Sci Kyushu Univ, Ser E 3: 65–80.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar

63.   63.Hammer O, Harper DAT, Ryan PD (2001) PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontol Electron 4: : 9 pp.

64.   64.MARGO Project Members (2009) Constraints on the magnitude and patterns of ocean cooling at the Last Glacial Maximum. Nat Geosci 2: 127–132.

·         View Article

·         PubMed/NCBI

·         Google Scholar
65.Schlitzer R (2011) Ocean Data View. Available: http://odv.awi.de/en/home/

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